Svatý Jan Sarkander žil v době závažných náboženských rozbrojů, které ho nakonec stály život. Pro složitost doby a neúplnost pramenů je nejednoznačnou postavou jak z hlediska historického, tak i z ekumenického.
Narodil 20. prosince 1576 v katolické rodině ve Skočově na Těšínsku. Matka se jmenovala Helena Gurecká a jeho otcem byl Řehoř Matěj Sarkander, patrně potomek zchudlé šlechty. Kromě nevlastního bratra z prvního manželství matky měl Jan ještě sestru a bratry Pavla, Václava a Mikuláše, který se stal rovněž knězem. Slezsko bylo už tehdy vícejazyčné a pokud jde o vyznání, převládali zde luteráni. Možná i z toho důvodu se rodina záhy přestěhovala do katoličtějšího Příbora.
Filosofii Jan vystudoval v létech 1597-1603 u jezuitů v Olomouci a v pražském Klementinu, teologii ve Štýrském Hradci (Grazu). Po studiích teologie se však nenechal vysvětit a roku 1606 se vrátil na Moravu. Téhož roku se v Meziříčí zřejmě oženil s Annou Plachetskou, protože se nám dochovala podepsaná manželská smlouva. Nicméně pouhý rok poté, zřejmě jako vdovec přijal nižší svěcení a začal vypomáhat svému bratru v duchovní správě. V roce 1609 byl v Brně vysvěcen na kněze. V následujících deseti letech působil v duchovní správě na více místech, naposledy jako farář v Holešově, kde nastoupil po vystěhovaném evangelickém faráři. V téže době se stává Lobkovicovým důvěrníkem a zpovědníkem.
V roce 1619 vypuklo rozsáhlé stavovské povstání proti císaři Ferdinandu II., které zachvátilo nejen Čechy, ale i Moravu. Povstalci si zvolili za svého krále kalvinistu, kurfiřta Friedricha Falckého, který dal vyplenit svatovítskou katedrálu. Na Moravě se děly podobné věci, např. Václav Bítovský dal vyplenit Hostýn a nechal spálit uctívaný obraz Panny Marie. Mnozí katolíci přecházeli k evangelíkům, někteří z přesvědčení, jiní proto, aby si zachovali statky a postavení, když evangelické stavy získávaly navrch. Jezuité byli vypovězeni ze země a museli opustit i Holešov.
Mezitím vtrhla na Moravu z Polska kozácká jízda, která měla zakročit proti evangelickým pánům. Jak už to v náboženských válkách bývá, nechávala za sebou rovněž spoušť. Vypráví se, že když se vojsko po vydrancování Bystřice přiblížilo k Holešovu, vyšel jim vstříc Jan Sarkander s monstrancí a s průvodem místních katolíků, zpívajících Salve Regina. Kozáci se zastavili, postupně se přidali ke zpěvu a město Holešov ušetřili.
Zpráva o události se však brzy roznesla, ale ne všichni v ní viděli zázračné vyslyšení modliteb: kněz Jan byl obviněn z velezrady. Podezírali ho, že on anebo jeho pán Lobkovic vojska kozáků sami na Moravu pozvali. Jan byl zatčen a v olomouckém vězení vyslýchán útrpným právem. Právě obšírná zpráva o Janově mučení byla hlavním pramenem beatifikačního i kanonizačního procesu. Je známo, že barokní způsob útrpného práva byl něčím strašným a za pomoci rafinovaných mučících nástrojů se většinou docílilo i velmi bizarních doznání. Z tohoto hlediska je pozoruhodná Janova statečnost - ani po trojím stupňovaném mučení žádné z obvinění nedoznal. Podezřelým ze zrady byl sice spíše pan Lobkovic, Sarkander byl vyslýchán především jako jeho důvěrník a zpovědník. Proto byl na něho činěn nátlak, aby porušil zpovědní tajemství. Když opakovaně odmítal vinu na pozvání vojsk a odmítl sdělit, co by mohl vědět ze zpovědnice, byla proti němu vznesena mnohá další obvinění z účasti na příkořích vůči protestantům, některá už evidentně smyšlená. Na osobu vězněného kněze Jana Sarkandera se tak v dané chvíli zástupně vylila veškerá zášť, nakumulovaná letitými náboženskými nesváry a nespravedlnostmi, jejichž aktéři byli na obou stranách.
Jan zemřel na následky trojího mučení dne 17. března 1620 ve vězení v Olomouci. Za blahoslaveného jej prohlásil papež Pius IX. dne 3. listopadu 1859, ale oslavy blahořečení se konaly až 6. května 1860 (na tento den dnes spadá jeho církevní svátek). Tehdy byly jeho ostatky slavnostně přeneseny z mariánského kostela v Předhradí do katedrály svatého Václava. Část ostatků je dnes uchovávána rovněž v kapli Jana Sarkandera, která se nachází v místě bývalé věznice.
Do seznamu svatých jej zapsal papež Jan Pavel II. při své návštěvě Moravy dne 21. května 1995, přičemž veřejně vyslovil prosbu za odpuštění všech křivd, kterých se kdy katolíci dopustili na evangelících v dějinách českého národa.
Slova Jana Pavla II. při kanonizaci Jana Sarkandera:
„Dnes já, papež římské církve, jménem všech katolíků prosím za odpuštění křivd, spáchaných na nekatolících v pohnutých dějinách tohoto národa; zároveň ujišťuji, že katolická církev odpouští všechno zlé, co vytrpěly zase její děti. Ať je dnešní den novým začátkem ve společné snaze následovat Krista, jeho evangelium, jeho zákon lásky, jeho touhu po jednotě věřících v Kristu: «Aby všichni jedno byli» (Jan 17,21).“
Z knihy Svatí na každý den - 2. svazek; vydalo: Karmelitánské nakladatelství